Ergenekon sanıklarından Doğu Perinçek'in iddianameye yansıyan ilişkilerinden sonra Emin Gürses'in de Öcalan'la temas içinde olduğu ortaya çıktı. Bir dönem Genelkurmay Başkanı Hüseyin Kıvrıkoğlu'nun danışmanlığını yapan Gürses'in, Öcalan'la ilişkisini kendisinin itiraf etmiş. Gürses, 3 yıl önce katıldığı panelde, bunu bizzat söylemiş. "Apo'yla bir görüşmemizde 'Ermeniler bizi kullanıyor' şeklinde konuşmuştu bizimle." diyen Gürses'in hangi sıfatla görüştüğü merak konusu.

Eylül 2005'te Büyükada'da düzenlenen panele konuşmacı olarak Prof. Beril Dedeoğlu, eski MİT'çi Mahir Kaynak, gazeteci Yiğit Bulut ve Doç. Dr. Emin Gürses katıldı. Gürses, burada yaptığı konuşmada, Öcalan'la yaptığı görüşmeyi açık açık anlattı. Gürses'in panelde sarf ettiği görüşmeyle ilgili cümleleri şöyle: "Apo'yla bir görüşmemizde o bile böyle bir riskin olduğunu kendi söylemişti bize. Yani kurulacak bir Kürdistan'ın yarısından çoğunu Ermenilerin alacağını, maliyetini Kürtlerin çekeceği ama toprağı Ermenilerin alacağını söylemişti. Bunu da doğrulayan birini bulduk, Harvard Üniversitesi'nde tarih profesörüydü. 'Biz Kürtlerle ittifak halindeyiz ama Diyarbakır-Van hattını biz isteriz' dedi." Ergenekon sanığı Gürses'in Öcalan'la görüştüğüne dair başka deliller de var. Doç. Dr. Gürses, iddianameye yansıyan telefon görüşmelerinde bunu gizlemiyor. 23 Ocak 2008'de yaptığı görüşmede şunları söylüyor: "Öcalan bize bir gün dedi ki, 'Yav' dedi, 'Siz' dedi, 'Bilmiyorsunuz bir şey. Ben köylere giderim, Kürtlerin bana tabi olmasını sağlamak için o köyden birkaç tane adam bulurum. Onları öldürtürüm, ondan sonra bütün köy bana tabi olur, tapar. Çünkü bizimkiler güçten anlar." Emin Gürses bu görüşmeden 5 gün sonra Mustafa isimli bir şahısla yaptığı telefon konuşmasında şunları kaydediyor: "Öcalan'ın bize söylediği, Kürtler nasıl tepki verirler? Öcalan bize önce bir yavaş yavaş itelersin diyor. Baktın tepki yok ha bunlar korkuyorlar üzerine daha çok gidersin."