Milli Eğitim Gençlik ve Spor Bakanlığı’nın 09.07.1987 tarihli oluru ile 1987-1988 Öğretim yılında Kastamonu Anadolu Lisesi olarak açılmıştır.

1987 Yılında geçici olarak bu gün için Osmanlı Sarayı adı ile otel olarak hizmet veren eski belediye binasında eğitim öğretim'e başlamış 1991 yılında hayırsever Mustafa KAYA'nın yaptırmış olduğu binaya taşınmıştır.

1991 yılında adı Mustafa Kaya Anadolu Lisesi olarak değiştirilmiş ve bugünkü binasına taşınmıştır. Aynı zamanda 188 (78 kız-110 erkek) öğrenci kapasiteli kız ve erkek öğrenci pansiyonu da aynı yıl tamamlanmış ve hizmete sunulmuştur.

1991 tarihinde temeli atılan 600 kişilik spor salonu ve çok amaçlı salonu 1996 tarihinde tamamlanmış ve öğrencilerin hizmetine sunulmuştur.

1996 tarihinde 25 dairelik lojman da tamamlanmış ve öğretmenlerin hizmetine sunulmuştur.

Okul binası, pansiyon binası, spor salonu ve lojman, Sayın Mustafa KAYA’nın ve eşleri Nedime KAYA’nın destekleri ile yapılmıştır.

Mustafa Kaya Anadolu Lisesi anadolunun dikkat çekici liselerindendir. Anadolu Liseleri sıralamasında 5. liğe kadar yükselme başarısını göstermiştir. Ülke çapında birçok öss ve fen liseleri giriş sınavı dereceleri vardır.