Büyük Ortadoğu Projesi'nin "karanlık" yönleri halen mevcuttur. Kimi iddialara göre bölge hallaç pamuğu gibi dağıtılacaktır. Bölgeye, "mikro milliyetçilik" olarak tanımlanan kabile-aşiret düzenine ve feodal yapılara dayalı, etkin mezhepsel kümelerin öne çıkarıldığı bir çizgi dayatılacaktır. Ortadoğu ileride etkisizleştirilmiş bir tür "şehir devletler"e bölünecektir. Bölge ülkelerinden en az birkaç yeni devlet çıkarılmak istenecek veya merkezi yapılar iyice zayıflatılacaktır. Merkezi devletlerin etkisizleştirilmesi ise kaçınılmaz olarak askeri zayıflamayı getirecek ve bölge tahakküme açık hale gelecektir. Bu zayıflatılmış devletlerden koparılan "eyaletler"den oluşturulacak yeni bir "Ortadoğu Birleşik Devletleri" tasarımı bile uygulamaya konulabilir.