Balıkesir'de ilk kez bir orta dereceli okulun açılışı 1884 yılına rastlar. Bu tarihte sadece birinci sınıfı ile öğretime başlayan ve o zamanki adıyla Rüştiye'nin açılışından sonra 15 Şubat 1885 tarihinde Celal Zade Hanı'ında İdadi, şimdiki söylenişi ile lise öğrenimine başlamış ve bu lise bugünkü Balıkesir Lisesi'nin temelini oluşturmuştur.

Zamanla öğrenci sayısının artması ile 1893 yılında şu anda Kuva-i Milliye müzesi olan binanın bulunduğu yerdeki Giritli Mehmet Paşa konağı'na taşınan okul, 1895 yılında Behçet Paşa Köşkü bahçesinde inşa edilen, asıl tarihi binasına geçmiştir. 1898 yılında bir deprem sonucu hasara uğrayan ve II. Abdülhamit tarafından 1902 yılında onarımı yaptırılan binaya 1913 Nisan'ında, o zamanın en önemli öğretim kurumlarından olan Selanik Sultanisi tam kadrosu ile nakledilmiştir. Bu tarihten sonra da Balıkesir Sultanisi adı altında öğretimini sürdürmüştür.

İlk yıllarda yalnız yatılı olarak öğretim yapan Sultani, 1919-1920'den itibaren gündüzlü öğretime de başlamıştır. 1924 yılında Balıkesir Sultanisi lağvedilmiştir. 1931 yılında sadece 9. sınıf, okul bahçesindeki küçük bir binada öğretime tekrar başlamış ve daha sonra Sultaniden boşalan yerde öğretim yapan Öğretmen Okulu ile birlikte, bugünkü Necatibey Eğitim Fakültesine geçilmiştir. 1932-1933 öğretim yılında Balıkesir Lisesi adını almıştır. Lise, 1936 yılında tekrar eski binasına taşınmıştır. Öğrenci sayısının artması ile Mutasarrıf Konağı olarak yapılan, fakat sonradan Doğumevi olarak kullanılan binayı da derslik olarak kullanmıştır.

Ortaokul ve lise sınıfları ile öğretim yapan okulun öğrenci sayısı birden çoğalınca, ek bir yapıya gerek duyulmuş, 1953 yılında Namazgah diye bilinen arsada bugünkü okulun yapımına başlanmıştır. 1957 yılında bu bina öğretime açılmıştır. Oruçgazi Ortaokulu adı altında öğretim yapılan eski bina, 1971 yılında, oturulamaz yıkılabilir kararıyla boşaltılmış, daha sonra da büyük bir onarım görmüş, orijinalliği bozularak ahşap bölümler betonarme yapılmış ve Balıkesir Üniversitesi Mühendislik Fakültesine devredilmiştir. Bina halen Balıkesir Üniversitesi Mimarlık-Mühendislik Fakültesi tarafından kullanılmaktadır.