Zinciriye Medresesi Karamanoğulları’ndan II.İbrahim bey tarafından (1424-1463) yaptırılmıştır. Zinciriye Medresesi eyvanlı ve açık avlulu medrese plan düzenindedir. Medrese yüksek duvarları ile dıştan kale görünümündedir. Ayrıca duvarların üzerinde taş mazgallar bulunmaktadır. Kesme taştan yapılmış olan medresenin ortasında dikdörtgen planlı, açık avluludur. Bu avlunun dört kenarında eyvanlar ve eyvanların arasında da revakların arkasında üzerleri kubbe ve tonoz örtülü 18 medrese odası sıralanmıştı. Sivri kemerlerle eyvanlar birbirlerine bağlanmışlardır. Eyvanların üzerinde Selçuklu üslubunda bitkisel motifler bulunmaktadır. Bunlardan mihrap yönündeki eyvanın cephesi geometrik, taş oyma motiflerle bezenmiştir. Ayrıca burada mozaik kakma çinilerin izleri de görülmektedir.

Giriş avlusunun ekseninde sivri kemerli bir taç kapı ile içerisine girilen iki kubbeli dershane bölümü bulunmaktadır.

Medresenin portali çok ince bir taş işçiliği ile örgü motifleri, geometrik yıldızlarla bezenerek Selçuklu cephe portallerinin devamını göstermektedir. Portalin dış köşelerine birer sütuncuk, iki tarafına da hücreler eklenmiştir.

Medrese, Osmanlı İmparatorluğu’nun son zamanlarında hapishane olarak kullanılmış, bu nedenle de bazı yerleri de yıkılmıştır. Zinciriye Medresesi 1969 yılında Niğde Müzesi’ne bağlı müze deposu konumuna getirilmiş ve 1985 yılında da Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü tarafından restore edilmiş ve Aksaray Müzesi olarak ziyarete açılmıştır.